二亮氨酸肽的退火重要性采样
生物大分子
2009-11-13 v1
摘要
退火重要性采样是一种为通过模拟退火协议生成的非平衡样本分配平衡权重的方法。这些权重可用于计算平衡平均值，并可作为所选冷却方案的“绝热特征”。本文在 50 原子的二亮氨酸肽上演示了该方法，表明对于可控的冷却方案可以达到平衡分布。对于该系统，如本文朴素实现的那样，该方法比恒温模拟效率略高。然而，每当执行任何模拟加热或冷却时（这在模拟项目开始时或 NMR 结构计算期间经常进行），该方法都值得考虑，因为它易于实现且所需的额外 CPU 开销极小。此外，本文提出的朴素实现还有改进空间。
引用
@article{arxiv.0704.0464,
title = {Annealed importance sampling of dileucine peptide},
author = {Edward Lyman and Daniel M. Zuckerman},
journal= {arXiv preprint arXiv:0704.0464},
year = {2009}
}