基于自相关分析的单粒子重建的各向异性 Twicing 方法
计算机视觉与模式识别
2017-04-27 v1 生物大分子
应用统计
统计方法学
摘要
X射线晶体学中的缺失相位问题通常通过分子置换技术解决，该技术从先前已解析的同源结构中借用相位，并将其附加到未知结构衍射图案的测得傅里叶幅度上。最近，分子置换被提出用于解决Kam自相关分析中出现的缺失正交矩阵问题，该分析用于利用X射线自由电子激光和冷冻电镜进行单粒子重建。在经典分子置换中，通常将未知结构的幅度估计为测得幅度的两倍减去同源结构的幅度，这一过程称为“twicing”。在数学上，这等价于寻找复值标量的无偏估计量。我们将该方案推广到估计单粒子自相关分析中出现的实值或复值矩阵的情况。我们命名此方法为“各向异性Twicing”，因为与标量情况不同，无偏估计量不是通过简单的幅度各向同性校正获得的。我们在合成和实验数据集上比较了最小二乘、twicing和各向异性twicing估计量的性能。我们首次展示了直接基于实验数据在冷冻电镜中进行三维同源建模，无需迭代细化或分类平均。
引用
@article{arxiv.1704.07969,
title = {Anisotropic twicing for single particle reconstruction using autocorrelation analysis},
author = {Tejal Bhamre and Teng Zhang and Amit Singer},
journal= {arXiv preprint arXiv:1704.07969},
year = {2017}
}