中文

面向可逆反应的非结构网格收敛反应扩散主方程

数值分析 2018-08-14 v2

摘要

收敛反应扩散主方程(CRDME)是近年发展起来的一种基于格点的粒子随机反应扩散模型,它作为格点间距趋于零时对底层空间连续粒子动力学模型的收敛近似。CRDME被设计为对仅有线性反应的系统与流行的格点反应扩散主方程(RDME)模型完全相同,同时克服了RDME在格点间距趋于零时双分子反应效应丢失的问题。在最初的工作中,我们发展了CRDME以处理笛卡尔网格上的双分子缔合反应。本文中我们发展了CRDME的若干扩展,以促进在真实生物域内对细胞过程的建模。首先,我们将CRDME扩展到非结构网格上处理可逆双分子反应。此处我们通过空间连续体积反应模型的离散化发展了广义CRDME,将CRDME扩展到涵盖更多种类的粒子-粒子相互作用。最后,我们通过若干数值算例检验,展示了CRDME逼近体积反应模型的收敛性与精度。

关键词

引用

@article{arxiv.1711.04220,
  title  = {An Unstructured Mesh Convergent Reaction-Diffusion Master Equation for Reversible Reactions},
  author = {Samuel A. Isaacson and Ying Zhang},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1711.04220},
  year   = {2018}
}

备注

35 pages, 9 figures. Accepted, J. Comp. Phys. (2018)