基因调控网络的开放 Petri 网实现
分子网络
2019-07-29 v1 范畴论
摘要
基因调控网络（GRN）在系统生物学和基因组学中起着核心作用。它提供了一种有前景的方式来建模和研究复杂的生物过程。已有若干计算方法被开发用于 GRN 的构建与分析。特别是，Petri 网及其变体在多年前就被引入用于 GRN。另一方面，Petri 网理论本身近年来迅速发展。尤其值得注意的是 Petri 网与范畴论数学框架的结合或处理（范畴化），它赋予了 Petri 网抽象与可组合的能力。开放 Petri 网是此类“范畴化”Petri 网的一种最先进实现。将开放 Petri 网应用于 GRN 可能有助于促进大规模 GRN 的建模。在本稿中，我们朝该方向迈出了浅显的一步。
引用
@article{arxiv.1907.11316,
title = {An Open Petri Net Implementation of Gene Regulatory Networks},
author = {Yanying Wu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1907.11316},
year = {2019}
}
备注
12 pages, 11 figures