通过副本平均时间分辨约束模拟实现最大路径原理
生物大分子
2018-05-16 v3 统计力学
摘要
推断方法可用于整合实验信息与分子模拟。最大熵原理为使用平衡实验数据提供了框架，且已表明采用静态势约束的副本平均模拟是此原理的一种实用而强大的实现。在此我们证明，采用时间依赖势约束的副本平均模拟等价于最大路径原理（最大熵原理的动力学版本），从而可望在分子动力学模拟中整合时间分辨数据。我们给出了该等价性的解析证明，并利用简单模型与合成数据进行了计算验证。文中也讨论了若干局限性与可能的解法。
引用
@article{arxiv.1802.06560,
title = {An implementation of the maximum-caliber principle by replica-averaged time-resolved restrained simulations},
author = {Riccardo Capelli and Guido Tiana and Carlo Camilloni},
journal= {arXiv preprint arXiv:1802.06560},
year = {2018}
}