评估DNA损伤响应与细胞周期通路用于乳腺癌分类

乳腺癌的准确亚型分类或分类对于确保患者的适当治疗以及理解驱动该疾病的分子机制十分重要。尽管文献中已提出若干用于分类乳腺肿瘤的基因签名，这些签名表现出极低的重叠、不同的分类性能，并且与这些肿瘤的潜在生物学关联不大。在此，我们评估了DNA损伤响应(DDR)和细胞周期通路（其在相当比例的乳腺肿瘤中涉及的关键通路）在乳腺肿瘤亚型分类中的有用性和能力。我们认为，基于这两条通路对乳腺肿瘤进行亚型分类可揭示驱动这些肿瘤的分子机制的重要见解。在此，我们对DDR和细胞周期通路进行系统评估，以将乳腺肿瘤分为五种已知的内在亚型。同源重组(HR)通路在乳腺肿瘤亚型分类中表现出最佳性能，表明HR基因在所有乳腺肿瘤中均强烈参与。通路基于的签名与两个标准基因签名的比较支持了使用已知通路进行乳腺肿瘤亚型分类。此外，对这些标准基因签名的评估表明，乳腺肿瘤亚型分类、预后和生存估计均密切相关。最后，我们通过组合（并集）所有基因并进行严格特征选择，构建了一个包罗万象的超级签名，发现其在分类及预后价值上均相当准确且稳健。采用DDR和细胞周期通路进行乳腺肿瘤亚型分类实现了稳健而准确的乳腺肿瘤亚型分类，并且构建包含来自这些分子通路及临床方面的特征选择混合基因的超级签名在临床实践中是有价值的。