用于 3D 切片级多染色肾脏病理配准的端到端流程
图像与视频处理
2023-05-23 v1 计算机视觉与模式识别
摘要
在连续切片全切片图像（WSIs）上于 3D 语境中进行组织检查与量化是劳动密集且耗时的任务。我们之前的研究提出了一种新颖的基于配准的方法（Map3D）来自动将 WSIs 对齐至同一物理空间，减少了从 WSIs 筛查连续切片的人力。然而，我们的 Map3D 方法的配准性能仅在单染色大规模肾脏组织样本 WSIs 上评估过。本文中，我们提供了一个 Docker，用于针活检连续切片在多染色范式下的端到端 3D 切片级配准流程。本研究的贡献有三方面：（1）我们发布了一个容器化 Docker 用于端到端多染色 WSI 配准。（2）我们证明 Map3D 流程能够进行多染色 WSI 的切片级配准。（3）我们验证 Map3D 流程也可应用于针活检组织样本。源代码与 Docker 已公开于 https://github.com/hrlblab/Map3D。
引用
@article{arxiv.2305.11968,
title = {An End-to-end Pipeline for 3D Slide-wise Multi-stain Renal Pathology Registration},
author = {Peize Li and Ruining Deng and Yuankai Huo},
journal= {arXiv preprint arXiv:2305.11968},
year = {2023}
}
备注
6 pages, 4 figures