利用 X 射线自由电子激光有限数据进行单粒子成像的先进工作流程
生物物理
2020-06-16 v1 数据分析、统计与概率
摘要
本文提出了一种利用有限数据改进单粒子成像（SPI）实验分析的方法。结果基于在 Linac Coherent Light Source (LCLS) 的 AMO 仪器上作为 SPI 计划一部分对噬菌体 PR772 的研究。现有方法被修改以应对实验数据的不足：探测器一半信息不可获取以及单粒子撞击比例较小。通用 SPI 分析工作流程在最终病毒结构确定步骤中加入了基于期望最大化的衍射图分类与模态分解。所提出的数据处理流程使我们能够在无对称性约束下以 6.9 nm 的空间分辨率确定噬菌体 PR772 的三维结构。所获得的受限分辨率源于实验期间的散射强度以及相对较少的单粒子撞击数。
引用
@article{arxiv.2006.08345,
title = {An advanced workflow for single particle imaging with the limited data at an X-ray free-electron laser},
author = {Dameli Assalauova and Young Yong Kim and Sergey Bobkov and Ruslan Khubbutdinov and Max Rose and Roberto Alvarez and Jakob Andreasson and Eugeniu Balaur and Alice Contreras and Hasan DeMirci and Luca Gelisio and Janos Hajdu and Mark S. Hunter and Ruslan P. Kurta and Haoyuan Li and Matthew McFadden and Reza Nazari and Peter Schwander and Anton Teslyuk and Peter Walter and P. Lourdu Xavier and Chun Hong Yoon and Sahba Zaared and Viacheslav A. Ilyin and Richard A. Kirian and Brenda G. Hogue and Andrew Aquila and Ivan A. Vartanyants},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.08345},
year = {2020}
}
备注
40 pages, 7 figures (main text), 2 tables (main text), 14 figures (supplementary information), 1 table (supplementary information)