acc-Motif检测工具

网络模体算法主要是在Milo等人2002年的开创性论文之后成为研究课题，该论文将模体作为揭示大多数网络基本构建块的一种方式。在生物信息学中，模体主要应用于基因调控网络领域。本文提出了新的算法，用于精确计数有向图中大小为3、4和5的同构模式模体。设$G(V,E)$是一个有向图，$m=|E|$。我们描述了一个$O({m\sqrt{m}})$时间复杂度的算法来计数大小为3的同构模式。为了计数大小为4的同构模式，我们提出了一个$O(m^2)$算法。对于5个顶点的模式，算法复杂度为$O(m^2n)$。新算法已实现，并与FANMOD和Kavosh模体检测工具进行了比较。实验表明，我们的算法明显快于FANMOD和Kavosh。我们还使我们的模体检测工具在互联网上可用。