扩展COBRApy动态FBA协议以模拟社群代谢的简单方法
分子网络
2025-09-11 v1
摘要
动态糖 flux 平衡分析（dFBA）扩展了FBA的能力，能够跟踪环境条件和细胞过程对代谢物浓度和通量的变化。该方法称为动态并行FBA（dpFBA）的核心思想是将每个物种分配到独立的细胞质中，在每个时间间隔内对各细胞质进行dFBA，同时跟踪外部代谢物的共享池。目前，用于约束基建模的软件包COBRApy仅提供一个用于模拟单个物种在划分为n个时间步的批量生长的即插即用dFBA实现。本文描述了一种扩展COBRApy dFBA以模拟多物种社群的方法，即在不修改当前软件包的前提下实现dpFBA。
引用
@article{arxiv.2509.08263,
title = {A simple method to extend COBRApy dynamic FBA protocol to the metabolic simulation of communities},
author = {Domenico L. Gatti},
journal= {arXiv preprint arXiv:2509.08263},
year = {2025}
}
备注
13 pages, 7 figures, 1 Table