基于自动化溯源追踪的后验元数据：AiiDA与TCOD的集成
材料科学
2020-12-08 v3
摘要
为使计算科学研究的成果可查找、可访问、可互操作和可重用，有必要用标准化的元数据对其进行标注。然而，存在若干技术和实践挑战，使得这一过程在实践中难以实现。本文提出了一种协议的实现方案，用于将晶体结构与其计算性质进行标记，无需人工干预来整理数据。该协议利用了AiiDA（一个管理和自动化科学计算工作流的开源平台）和TCOD（一个使用定义明确且详尽的本体存储计算材料性质的开源数据库）的能力。基于此，将计算数据存入TCOD数据库的完整流程得以自动化。所有相关元数据均从AiiDA在管理计算时自动追踪和存储的完整溯源信息中提取。这样的协议也使得计算材料科学领域的科学数据具有可复现性。作为概念验证，使用AiiDA-TCOD接口存储了170个理论结构及其计算性质和完整的溯源图，该溯源图包含超过4600个AiiDA节点。
引用
@article{arxiv.1706.08704,
title = {A posteriori metadata from automated provenance tracking: Integration of AiiDA and TCOD},
author = {Andrius Merkys and Nicolas Mounet and Andrea Cepellotti and Nicola Marzari and Saulius Gražulis and Giovanni Pizzi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.08704},
year = {2020}
}