方法的MOSAIC：通过整合算法多样性改进直系同源检测
种群与进化
2014-04-22 v2 定量方法
摘要
直系同源检测（OD）是蛋白质编码序列比较基因组分析的关键步骤。在本文中，我们首先对四种流行的、方法多样化的OD方法进行了全面比较：MultiParanoid、Blat、Multiz和OMA。在直接比较中，这些方法在12-30%的情况下显著优于彼此。这种高度的互补性促使我们提出了第一个用于整合方法多样化OD方法的工具。我们将此程序称为MOSAIC，即多直系同源序列分析与聚类优化整合。相对于组成方法和竞争方法，我们证明MOSAIC使所有物种都存在的比对数量增加了五倍以上，同时保持或提高了基于功能、系统发育和序列同一性的直系同源质量度量。此外，我们证明这种比对质量的提高使得可信比对位点增加了40-280%。综合起来，这些因素转化为更高的整体保守性估计，同时允许检测到多达180%更多的正选择位点。MOSAIC可作为Python包使用。MOSAIC比对、源代码和完整文档可在http://pythonhosted.org/bio-MOSAIC获取。
引用
@article{arxiv.1309.2319,
title = {A MOSAIC of methods: Improving ortholog detection through integration of algorithmic diversity},
author = {M. Cyrus Maher and Ryan D. Hernandez},
journal= {arXiv preprint arXiv:1309.2319},
year = {2014}
}