一个经过整理的常见蛋白质翻译后修饰旋转异构体库
生物物理
2024-05-07 v1
摘要
蛋白质常见氨基酸的侧链旋转异构体库对于折叠蛋白质结构测定和生成内在无序蛋白质（IDPs）的系综很有用。然而，许多蛋白质功能通过翻译后修饰（PTMs）在翻译序列之外被调节。在这项工作中，我们提供了一个从RCSB PDB数据库导出的最常见PTMs的侧链旋转异构体的整理集，包括磷酸化、甲基化和乙酰化侧链。我们的旋转异构体库在预测折叠蛋白质中PTMs的实验结构方面优于现有方法如SIDEpro和Rosetta。此外，我们通过使用蒙特卡罗侧链熵（MCSCE）生成折叠蛋白质的系综，并将MCSCE与IDPConformerGenerator中的局部无序区域采样算法结合用于具有内在无序区域的蛋白质，展示了我们的PTM库的全面使用。
引用
@article{arxiv.2405.03120,
title = {A Curated Rotamer Library for Common Post-Translational Modifications of Proteins},
author = {Oufan Zhang and Shubhankar A. Naik and Zi Hao Liu and Julie Forman-Kay and Teresa Head-Gordon},
journal= {arXiv preprint arXiv:2405.03120},
year = {2024}
}