从全原子分子动力学模拟推导联合原子分子内势的关联方法：在烷烃中的应用
化学物理
2020-03-04 v1 统计力学
摘要
联合原子（UA）力场通常基于蒙特卡洛模拟所得分布，采用玻尔兹曼逆方法构建。本文提出一种从全原子（AA）分子动力学模拟构建UA力场的新方法。该方法确定同类振子间的时间关联：CC键与相连CH键之间；价角CCC与所有至少共享一个氢的价角之间；二面角CCCC与共享两个中心碳的二面角之间。若长度或角度间无关联，则振子能量独立，此时AA与UA力场分量相同。若完全关联，则对象的UA势为其耦合振子能量之和。部分关联亦可能。考虑了AA分子与相应UA分子的若干运动学匹配检验：振子平均振动周期；存在概率关联的能量；分子平均端到端长度。作为示例，该方法应用于使用OPLS-AA力场模拟的脂肪族分子。
引用
@article{arxiv.2003.01180,
title = {A Correlation Method for Deriving UA Intra-Molecular Potentials from AA Molecular Dynamics Simulations: Application to Alkanes},
author = {Bernard Monasse and Frédéric Boussinot},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.01180},
year = {2020}
}