布尔网络模型预测裂殖酵母细胞周期序列
分子网络
2015-05-13 v1
摘要
仅基于已知的生化相互作用拓扑结构，构建了裂殖酵母（Schizosaccharomyces Pombe）细胞周期调控网络的布尔网络模型。在计算机上对该模型进行模拟，忠实地再现了活细胞沿细胞周期已知的调控活动模式序列。与现有的微分方程模型不同，除了调控回路的结构外，该模型不引入任何参数。该模型的动力学特性表明，生物学动力学序列在调控网络中得到了稳健的实现，其中生物学稳态G1对应于状态空间中的主导吸引子，而生物学调控序列是一条强吸引轨迹。将裂殖酵母细胞周期模型与酿酒酵母（S. cerevisiae）中相应网络的类似模型进行比较，观察到了回路结构及动力学的显著差异。后者在受外部激发驱动下以强阻尼模式运行，而S. pombe网络则代表了一个具有外部阻尼的自激系统。
引用
@article{arxiv.0704.2200,
title = {Boolean network model predicts cell cycle sequence of fission yeast},
author = {Maria I. Davidich and Stefan Bornholdt},
journal= {arXiv preprint arXiv:0704.2200},
year = {2015}
}
评论
10 pages, 3 figures