虚拟实验室：利用世界网格实现按需药物设计
分布式、并行与集群计算
2007-05-23 v1
摘要
计算网格正日益成为解决科学、工程和商业中大规模计算和数据密集型问题的流行范式。然而，在这些环境中进行应用程序组合、资源管理和调度仍然是一项复杂的工作。本文展示了如何利用现有的网格技术创建虚拟实验室环境，以在分布式资源上实现药物设计中的分子建模。该过程涉及对数百万种化合物分子与蛋白质靶标、化学数据库（CDB）进行筛选，以识别潜在用于药物设计的分子。我们通过将分子对接过程组成为参数扫描应用程序并使用 Nimrod-G 工具实现了网格化。我们随后开发了用于远程访问 CDB 小分子数据库中分子的新工具。Nimrod-G 资源经纪人along with molecule CDB 数据经纪人用于在分布式网格资源上调度和按需处理作业。结果表明，Nimrod-G 和虚拟实验室工具的使用便捷性和适用性。
引用
@article{arxiv.cs/0111047,
title = {Virtual Laboratory: Enabling On-Demand Drug Design with the World Wide Grid},
author = {Rajkumar Buyya and Kim Branson and Jon Giddy and David Abramson},
journal= {arXiv preprint arXiv:cs/0111047},
year = {2007}
}