面向 GPU 的蛋白设计管道性能行为解析
新兴技术
2026-01-13 v1 系统与控制
系统与控制
摘要
近期的计算进展使蛋白设计管道能够在 GPU 上端到端运行，但其异构的计算行为在系统层面仍未得到充分刻画。我们在不同输入和超参数下实现并剖析了一个代表性管道的各组件及完整管道。我们的刻画识别出普遍的低 GPU 利用率以及对序列长度和抽样策略的高度敏感性。我们依据这些见解提出未来研究方向，并发布开源管道和剖析脚本以便于进一步研究。
引用
@article{arxiv.2601.06885,
title = {Understanding the Performance Behaviors of End-to-End Protein Design Pipelines on GPUs},
author = {Jinwoo Hwang and Yeongmin Hwang and Tadiwos Meaza and Hyeonbin Bae and Jongse Park},
journal= {arXiv preprint arXiv:2601.06885},
year = {2026}
}
备注
Accepted to CAL