BioAmbients 的类型系统
计算工程、金融与科学
2010-02-23 v1 计算机科学中的逻辑
定量方法
摘要
BioAmbients 演算是一种适用于表示区室化、分子定位以及区室间移动的过程代数。本文通过引入一个静态类型系统来丰富该演算，该系统为每个 ambient 分配组类型，以指定该 ambient 可以停留的区室种类。该类型系统确保，在良类型的进程中，ambient 的嵌套不会违反类型层次结构。利用组类型提供的信息，我们还扩展了 BioAmbients 的操作语义，加入了用于标记因非期望的 ambient 移动（例如，合并不相容的组织）而可能产生的错误的规则。因此，错误信号可以帮助建模者检测和定位生物系统中可能出现的非期望情况，并提供关于如何避免非期望行为的实用提示。
引用
@article{arxiv.1002.4066,
title = {Types for BioAmbients},
author = {Sara Capecchi and Angelo Troina},
journal= {arXiv preprint arXiv:1002.4066},
year = {2010}
}