基于转录器电路分析的可解释单细胞基础模型
机器学习
2025-09-19 v1
摘要
单细胞基础模型（scFM）通过从大规模转录组数据中学习基因调控网络，在各种任务（如细胞类型注释和扰动响应预测）上展示了最先进的性能。然而，一个重大挑战仍然存在：与传统的差异基因表达分析等方法相比，这些模型的决策过程可解释性较差。最近，转录器（transcoders）已成为从大型语言模型（LLM）中提取可解释决策电路的有前景方法。在这项工作中，我们在最先进的 scFM——cell2sentence（C2S）模型上训练了一个转录器。利用训练好的转录器，我们从 C2S 模型中提取了内部决策电路。我们证明所发现的电路对应于真实的生物机制，确认了转录器在复杂单细胞模型中揭示生物学合理通路的潜力。
引用
@article{arxiv.2509.14723,
title = {Transcoder-based Circuit Analysis for Interpretable Single-Cell Foundation Models},
author = {Sosuke Hosokawa and Toshiharu Kawakami and Satoshi Kodera and Masamichi Ito and Norihiko Takeda},
journal= {arXiv preprint arXiv:2509.14723},
year = {2025}
}