利用 GFlowNets 生成 DNA 编码库
机器学习
2024-04-17 v1 定量方法
摘要
DNA 编码库是快速筛选大量多样化化合物的强大方法。使用 DEL 的关键挑战之一是文库设计，即选择将通过组合产生最终文库的构建块。在本文中，我们考虑了偏向蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的 DEL 设计任务。为此，我们评估了 PPI 调节任务上的几种机器学习算法，并将它们用作所提出的基于 GFlowNet 的生成方法的奖励。我们还研究了利用构建块的结构信息为 GFlowNet 设计分层动作空间的可能性。观察到的结果表明，GFlowNets 是生成多样化组合文库候选物的一种有前景的方法。
引用
@article{arxiv.2404.10094,
title = {Towards DNA-Encoded Library Generation with GFlowNets},
author = {Michał Koziarski and Mohammed Abukalam and Vedant Shah and Louis Vaillancourt and Doris Alexandra Schuetz and Moksh Jain and Almer van der Sloot and Mathieu Bourgey and Anne Marinier and Yoshua Bengio},
journal= {arXiv preprint arXiv:2404.10094},
year = {2024}
}