迈向核糖开关的自动化设计
机器学习
2023-07-19 v1 基因组学
摘要
用于发现新型核糖开关的实验筛选与选择流程成本高昂、耗时且低效。利用计算方法减少待筛选候选者的数量可大幅降低这些成本。然而，现有的计算方法并未完全满足此类初始筛选文库设计的所有要求。在本工作中，我们提出一种新方法 libLEARNA，能够提供具有多样化可变长度合格候选者的 RNA 聚焦文库。我们基于结构的全新设计方法同时考虑了全局属性以及期望的序列与结构特征。我们遵循先前发表的方案，通过设计茶碱核糖开关文库展示了该方法的优势，并获得了多 30% 的独特高质量候选者。
引用
@article{arxiv.2307.08801,
title = {Towards Automated Design of Riboswitches},
author = {Frederic Runge and Jörg K. H. Franke and Frank Hutter},
journal= {arXiv preprint arXiv:2307.08801},
year = {2023}
}
备注
9 pages, Accepted at the 2023 ICML Workshop on Computational Biology