超越 Michaelis-Menten 的生物催化剂热力学一致粗粒化
统计力学
2018-04-27 v2 化学物理
分子网络
摘要
从生物催化剂的详细催化机制出发，我们提供了一种在构造上热力学一致的粗粒化过程。该过程为粗粒化层级提供了化学计量、反应流（速率定律）和反应力（反应 Gibbs 能）。它可以处理主动转运蛋白和分子机器，从而扩展了源于酶动力学的思想的适用范围。我们的结果为大规模生化反应网络热力学的系统研究奠定了基础。此外，我们确定了单向流与力在粗粒化层级上成立的关系条件，正如其在详细层级上成立一样。在此过程中，我们澄清了文献中关于这种一般流-力关系的推测与宽泛主张。作为进一步的推论，我们表明，与普遍看法相反，热力学第二定律并不要求生化反应网络的流与力始终同向。
引用
@article{arxiv.1709.06045,
title = {Thermodynamically Consistent Coarse Graining of Biocatalysts beyond Michaelis--Menten},
author = {Artur Wachtel and Riccardo Rao and Massimiliano Esposito},
journal= {arXiv preprint arXiv:1709.06045},
year = {2018}
}
备注
14 pages, 5 figures