软物质模拟中的良、莠与使用者
软凝聚态物质
2016-11-28 v1
摘要
分子动力学（MD）模拟已在材料科学、生物化学、生物物理学及其他多个领域变得流行。计算资源的提升、力场参数与算法质量的改进带来了性能与可靠性的显著提高。另一方面，任何研究方法均非无错。在本综述中，我们讨论了若干由不同来源引起的错误与伪影（artifact）实例，并探讨如何避免它们。除了引起对模拟中伪影与规范操作的关注，我们也旨在为读者提供一个进一步探索这些问题的起点。特别地，我们希望该讨论能鼓励研究者检查软件、参数、协议，以及最重要的——他们自身的操作，以最小化错误可能性。此处焦点在于实践问题。
引用
@article{arxiv.1602.00466,
title = {The good, the bad and the user in soft matter simulations},
author = {Jirasak Wong-ekkabut and Mikko Karttunen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1602.00466},
year = {2016}
}