生物分子中局域化学/力学扰动诱导的结构转变
统计力学
2024-01-19 v2
摘要
基于溶液中分子结构涨落的广义 Langevin 理论以及 Kim 和 Hirata 于 2012 年推导的线性响应理论，本文阐述了由生物分子中局域构象变化诱导的结构转变。在生物分子的某一基团（如氨基酸替换或发色团因光激发产生的结构变化）引入的化学/力学变化被视为扰动，而蛋白质的其余部分作为参考系统。该线性响应方程由两部分组成：在基团处引入的力学/化学扰动，以及作为响应函数起作用的参考系统的方差-协方差矩阵。该方程的物理意义清晰明了：基团中的原子所施加的力引起蛋白质中某原子的位移，该位移通过方差-协方差矩阵传播，从而导致分子的全局构象变化。本文提出了该理论若干可能的应用示例，包括工业中的应用。
引用
@article{arxiv.2304.06884,
title = {Structural transition induced by a local chemical/mechanical perturbation in biomolecules},
author = {Fumio Hirata},
journal= {arXiv preprint arXiv:2304.06884},
year = {2024}
}
备注
8 pages, 1 figure