中文

ssys:将ODE模型精确代数重构为S系统或GMA形式

定量方法 2026-07-06 v1

摘要

ssys是一个Python包,用于将支持的ODE模型精确代数重构为S系统或广义质量作用形式。它读取Antimony和SBML模型,通过符号提升引入辅助变量,并使用符号、数值和基于轨迹的检查来验证转换后的系统。该包提供了命令行工作流程、笔记本生成以及跨精选模型和BioModels示例的基准证据,使经典的幂律重构对于可重复的系统生物学建模变得实用。

关键词

引用

@article{arxiv.2607.05607,
  title  = {ssys: Exact algebraic recasting of ODE models into S-system or GMA form},
  author = {William S. Hlavacek},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2607.05607},
  year   = {2026}
}

备注

7 pages