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SPIKY:用于监测脉冲序列同步性的图形用户界面

数据分析、统计与概率 2015-04-16 v3 数学软件 软件工程 生物物理 医学物理 神经元与认知

摘要

记录大规模神经元放电活动的技术发展迅速,这导致对能够分析大量实验脉冲序列数据的算法需求日益增长。其中最关键且最具挑战性的任务之一,是以极高的时间分辨率和跨越不同的空间尺度来识别相似性模式。为解决这一任务,近年来提出了三种时间分辨的脉冲序列同步性度量方法:ISI 距离、SPIKE 距离和事件同步。计算和可视化这些度量的 Matlab 源代码已公开。然而,由于结果可能存在多种不同的表示形式,这些代码的使用相当复杂,且其应用需要具备一定的 Matlab 基础知识。因此,提供一个更友好且交互式的界面变得势在必行。针对这一需求,我们推出了 SPIKY,这是一个图形用户界面,旨在促进时间分辨脉冲序列同步性度量在模拟数据和真实数据中的应用。SPIKY 包含了 ISI 距离、SPIKE 距离和 SPIKE 同步(事件同步的改进简化扩展版本)的实现,并在计算速度和内存需求方面进行了优化。它还包含一个脉冲序列生成器和一个事件检测器,使其能够分析连续数据。最后,SPIKY 软件包还包括额外的互补程序,旨在分析大量数据集并估计显著性水平。

关键词

引用

@article{arxiv.1410.6910,
  title  = {SPIKY: A graphical user interface for monitoring spike train synchrony},
  author = {Thomas Kreuz and Mario Mulansky and Nebojsa Bozanic},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1410.6910},
  year   = {2015}
}

备注

15 pages, 7 figures