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sPEGG:基于商用图形处理器的高通量生态-进化模拟

定量方法 2016-03-31 v1 种群与进化

摘要

将群体遗传学整合进群落生态理论是生态与进化的主要目标,但分析所得模型在计算上令人畏惧。在此我们描述 sPEGG(simulating\underline{\textrm{s}}\textrm{imulating} Phenotypic\underline{\textrm{P}}\textrm{henotypic} Evolution\underline{\textrm{E}}\textrm{volution} on General Purpose\underline{\textrm{G}}\textrm{eneral Purpose} Graphics Processing Units\underline{\textrm{G}}\textrm{raphics Processing Units} (GPGPUs)),一个开源多物种前向时间群体遗传学模拟器。使用单个商用 GPGPU 代替单个中央处理器,我们发现 sPEGG 可将生态-进化模拟加速超过 200 倍,相当于中小规模计算机集群的性能。

关键词

引用

@article{arxiv.1603.09255,
  title  = {sPEGG: high throughput eco-evolutionary simulations on commodity graphics processors},
  author = {Kenichi W. Okamoto and Priyanga Amarasekare},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1603.09255},
  year   = {2016}
}