NGS 样本的单碱基错配谱
定量方法
2011-09-07 v1
摘要
在下一代测序样本的预处理流程中，其单碱基错配集合与正确比对读段的数量一同构成首批输出之一。这两个集合的并集提供了一个 4×4 矩阵（下文称为单碱基指示矩阵，SBI），该矩阵代表了样本及其预处理要素（如测序仪、比对软件、流程参数）的蓝图。本文表明，在相同技术条件下，SBI 与样本的生物学性质之间存在强关联。为达到这一目标，我们需要引入 SBI 之间的相似性度量：本文还展示了机器学习中常用的两种度量在此背景下如何发挥作用。
引用
@article{arxiv.1109.1108,
title = {Single-base mismatch profiles for NGS samples},
author = {Marco Chierici and Giuseppe Jurman and Marco Roncador and Cesare Furlanello},
journal= {arXiv preprint arXiv:1109.1108},
year = {2011}
}