共享高价值研究资源：在开放科学网格上处理的 CamCAN 人类生命周期神经影像数据集
摘要
CamCAN 生命周期神经影像数据集（剑桥（英国）衰老与神经科学中心）于 2016 年 12 月开始采集与处理。部署在开放科学网格上的裁判共识求解器被用于此任务。该数据集包括人口统计学与筛查测量指标、高分辨率脑部 MRI 扫描，以及闭眼静息态（560 秒）、简单任务（540 秒）和被动听/看（140 秒）期间的头部脑磁图（MEG）记录。数据采集自 619 名神经学正常的个体，年龄在 18-87 岁之间。静息态记录的处理结果已完成并可在网上获取。这些数据共计 1.7 TBytes，包括 37 亿个经验证的神经电事件在大脑中的位置（1 毫米分辨率）、时间戳（1 毫秒分辨率）以及 80 毫秒的时间历程，即 619 名参与者平均每人 610 万个事件。裁判共识求解器为在 MEG 记录中检测到其磁场的神经电流提供了高产（平均 11,000 个神经电流/秒；标准差（sd）：3500/秒）且高置信度（每个识别出的电流 p < 10-12）的测量结果。我们描述了该求解器、部署在开放科学网格上的求解器实现、工作流管理系统、为该项目预留的开放科学网格通过机会性使用高性能计算（HPC）资源以增加计算容量的做法，以及我们从最近完成的静息态记录处理中获得的初步发现。这需要 1400 万核心小时，即每秒数据需 40 核心小时。
引用
@article{arxiv.1710.05246,
title = {Shared High Value Research Resources: The CamCAN Human Lifespan Neuroimaging Dataset Processed on the Open Science Grid},
author = {Don Krieger and Paul Shepard and Ben Zusman and Anirban Jana and David O. Okonkwo},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.05246},
year = {2017}
}
备注
8 pages, 7 figures; Proceedings of the 2017 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine; Keynote to The International Workshop on High Throughput Computing in Bioinformatics and Biomedicine using the Open Science Grid