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基于图对齐的完全中介表示的自我标注

机器学习 2022-01-13 v1

摘要

给定化学化合物的二维图像(UU)预测其分子图结构(WW)是机器学习中一个具有挑战性的问题。我们感兴趣于学习 f:UWf: U \rightarrow W,其中我们有一个完全中介表示 VV,使得 ff 分解为 UVWU \rightarrow V \rightarrow W。然而,观测 V 需要详细且昂贵的标注。我们提出一种图对齐方法,在给定普通标注 WW 的情况下生成丰富或详细的标注。本文中,我们研究从源域到目标域的域适应场景:在源域中我们可以访问昂贵的标注 VV,而在目标域中仅有普通标注 W 可用。聚焦于从二维图像预测化合物图的问题,完全中介层使用我们所预测的化合物图结构的平面嵌入来表示。使用完全中介层隐含了对底层过程机制的一些假设。然而,若假设正确,则应使机器学习模型更具可解释性、泛化更好且在训练时数据效率更高。实证结果表明,仅使用 4000 个数据点,相较于仅在源域上预训练的模型,域适应到目标域后性能提升高达 4 倍。域适应后,模型甚至能够检测出在原始源域中从未见过的原子类型。最后,在 Maybridge 数据集上,所提出的自我标注方法达到了高于当前最优(state of the art)的性能。

关键词

引用

@article{arxiv.2103.14133,
  title  = {Self-Labeling of Fully Mediating Representations by Graph Alignment},
  author = {Martijn Oldenhof and Adam Arany and Yves Moreau and Jaak Simm},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2103.14133},
  year   = {2022}
}

备注

Code available: https://github.com/biolearning-stadius/chemgrapher-self-rich-labeling