Sarkas：一个用于等离子体物理的快速纯Python分子动力学套件
等离子体物理
2022-01-05 v1 计算物理
摘要
我们提出一个开源、高性能、纯Python的非理想等离子体分子动力学（MD）套件。该代码Sarkas旨在通过提供MD代码以及前后处理工具来加速研究过程。Sarkas在利用Numba库获得可与编译语言相媲美的执行速度的同时，提供了Python的易用性。Sarkas中可用的工具包括通过Jupyter界面图形化展示平衡过程，以及计算径向分布函数、自相关函数和Green-Kubo关系等量。Sarkas包含许多用于模拟等离子体的力律，即纯库仑、Yukawa和Molière对势。Sarkas还包含量子统计势，并在必要时引入快速Ewald方法。面向对象的方法使得Sarkas易于修改，例如添加新的时间积分器、边界条件和力律。
引用
@article{arxiv.2105.14955,
title = {Sarkas: A Fast Pure-Python Molecular Dynamics Suite for Plasma Physics},
author = {Luciano G. Silvestri and Lucas J. Stanek and Gautham Dharuman and Yongjun Choi and Michael S. Murillo},
journal= {arXiv preprint arXiv:2105.14955},
year = {2022}
}