RMPCDMD：具有粗粒化流体动力学、化学反应和外场的胶体模拟
计算物理
2017-01-13 v1 软凝聚态物质
摘要
RMPCDMD 软件包执行混合分子动力学模拟，将多粒子碰撞动力学耦合以模拟溶剂，分子动力学模拟悬浮胶体，包括流体动力学、热涨落、化学活性溶剂粒子和催化胶体。RMPCDMD 的主要用途是化学驱动纳米马达的模拟，但也考虑其他设置：存在热梯度或强迫流中的胶体。RMPCDMD 以 Fortran 2008 配合 OpenMP 进行多线程操作开发，并使用基于 HDF5 的 H5MD 文件格式存储数据。RMPCDMD 附带文档和用于化学驱动纳米马达模拟的教程。
引用
@article{arxiv.1608.04904,
title = {RMPCDMD: Simulations of colloids with coarse-grained hydrodynamics, chemical reactions and external fields},
author = {Pierre de Buyl and Mu-Jie Huang and Laurens Deprez},
journal= {arXiv preprint arXiv:1608.04904},
year = {2017}
}
备注
7 pages