用有向无环图表示与扩展简约进化历史的集合
种群与进化
2023-10-27 v1
摘要
在许多情况下，不仅想知道给定数据集的最佳系统发育树，还想知道高质量树的集合。这一目标通常通过贝叶斯技术来解决，然而当前的贝叶斯方法无法扩展到大型数据集。此外，对于信号相对较低的庞大数据集，人们甚至无法逐个存储每棵好树，特别是当要求树必须为二叉分支时。在本文中，我们开发了一种称为“历史子划分有向无环图”（简称“history sDAG”）的新对象，它紧凑地表示带有标签（例如祖先序列）映射到内部节点的树的集合。history sDAG可以高效构建，也可以高效修剪以仅表示最大简约树。我们表明，history sDAG使我们能够找到许多额外的同等简约树，在组合上超越用于构建它的集合进行扩展。我们认为该对象可作为更完整不确定性量化的“骨架”而发挥作用。
引用
@article{arxiv.2310.07919,
title = {Representing and extending ensembles of parsimonious evolutionary histories with a directed acyclic graph},
author = {Will Dumm and Mary Barker and William Howard-Snyder and William S. DeWitt and Frederick A. Matsen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2310.07919},
year = {2023}
}
备注
To appear in JMB