对《单细胞RNA测序填补方法基准测试中的问题》一文的回应
应用统计
2019-09-06 v1 基因组学
定量方法
摘要
在我们的简短通讯（DOI: 10.1038/s41592-018-0033-z）中，我们提出了SAVER方法，用于从含噪声的单细胞RNA测序数据中恢复真实的基因表达水平。我们在RNA FISH验证实验和数据降采样实验中评估了SAVER以及同类方法MAGIC和scImpute的性能。在一篇评论[arXiv:1908.07084v1]中，Li与Li对降采样数据集的使用表示关切，特别关注从Zeisel等人数据获得的聚类结果。在此，我们将回应这些评论，并进一步修正数据降采样实验，以证明我们简短通讯中数据降采样实验的结论是有效的。
引用
@article{arxiv.1909.02492,
title = {Reply to "Issues arising from benchmarking single-cell RNA sequencing imputation methods"},
author = {Mo Huang and Nancy R. Zhang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1909.02492},
year = {2019}
}