RAId_aPS：具有多种评分函数和谱特异性统计的 MS/MS 分析
摘要
由于缺乏统一的统计标准，阻碍了对各种搜索方法的肽段鉴定结果进行具有统计意义的比较/组合。我们之前通过提供 E-value 校准协议，展示了将任何方法报告的评分或启发式 E-value 转换为教科书定义的 E-value 的可行性，后者可作为统一的统计标准。该协议虽然稳健，但可能会丢失谱特异性统计信息，并且在实验设置发生变化时可能需要重新校准。为了缓解这些问题，我们开发了一种新的 MS/MS 搜索工具 RAId_aPS，它能够为加法评分函数提供谱特异性 E-values。给定从 RAId score、K-score、Hyperscore 和 XCorr 中选择的评分函数，RAId_aPS 使用动态规划生成所有可能肽段的相应评分直方图。利用这些评分直方图分配 E-values，实现了一种无需校准的协议，可为每个评分函数准确分配显著性。RAId_aPS 具有四种不同模式：(i) 计算给定分子量范围内可能肽段的总数，(ii) 给定 MS/MS 谱图和评分函数生成评分直方图，(iii) 给定 MS/MS 谱图和所选评分函数，为候选肽段列表重新分配 E-values，以及 (iv) 使用选定的评分函数执行数据库搜索。在模式 (iii) 和 (iv) 中，RAId_aPS 还能够利用谱特异性统计信息组合来自不同评分函数的结果。网页链接为 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Yu/raid_aps/index.html。相关 Linux、Windows 和 Mac OS X 二进制文件可从同一页面获取。
引用
@article{arxiv.0806.2685,
title = {RAId_aPS: MS/MS analysis with multiple scoring functions and spectrum-specific statistics},
author = {Gelio Alves and Aleksey Y. Ogurtsov and Yi-Kuo Yu},
journal= {arXiv preprint arXiv:0806.2685},
year = {2010}
}
备注
34 pages, 10 figures, 1 supplementary information file (RAId_aPS_support.pdf). To view the supplementary file, please download and extract the gzipped tar source file listed under "Other formats"