RiboFlow：基于协同流匹配的条件 RNA 去除设计
太阳与恒星天体物理
2025-07-16 v2 高能天体物理现象
摘要
核糖核酸（RNA）通过与分子结合来实现特定的生物功能。尽管生成模型在生物分子设计方面取得了显著进展，但现有的针对特定配体设计 RNA的方法在捕捉 RNA 构象灵活性、确保结构有效性以及克服数据稀缺性方面存在局限。为解决这些挑战，我们引入了 RiboFlow，一种协同流匹配模型，用于基于目标分子 co-design RNA 结构和序列。通过将 RNA 框架、二面角和序列特征整合到统一的架构中，RiboFlow 显式地建模了 RNA 的动态构象，同时通过序列-结构一致性约束来提高有效性。此外，我们策划了 RiboBind，一个大规模的 RNA-分子相互作用数据集，以解决高质量结构数据稀缺的问题。大量实验表明，RiboFlow 不仅在多个方面都显著优于最先进的 RNA 设计方法，还展示了实现高亲和力结合目标配体的可控能力。我们的工作填补了可控 RNA 设计中的关键空白，为结构感知、数据高效生成提供了一个框架。
引用
@article{arxiv.2503.17006,
title = {Prompt stellar and binary black hole mergers in tight triples: Insights from chemically homogeneous evolution},
author = {Alejandro Vigna-Gómez and Evgeni Grishin and Jakob Stegmann and Aleksandra Olejak and Silvia A. Popa and Bin Liu and Abinaya S. Rajamuthukumar and Lieke A. C. van Son and Alexey Bobrick and Andris Dorozsmai},
journal= {arXiv preprint arXiv:2503.17006},
year = {2025}
}
备注
17 pages (including appendices), 8 main figures and 2 additional figures in the appendices. Accepted for publication in A&A