基于 GPU 的 PROJECTION 基序发现算法
分布式、并行与集群计算
2016-05-24 v1
摘要
基序发现是计算生物学中的 NP 完全问题之一。现有的非确定性基序发现算法不能保证结果的全局最优性，且对初始参数敏感。为解决此问题，PROJECTION 算法提供良好的初始估计，可利用 EM、MEME 或 Gibbs 等局部优化算法进一步精炼。对于足够大的输入（每条序列 600-1000 bp）或具有挑战性的基序发现问题，PROJECTION 算法可能耗费过多时间。本文中，我们给出了使用 CUDA 在图形处理单元（GPU）上对 PROJECTION 算法的并行实现。我们还列出了遇到的若干主要问题，包括因 GPU 空间限制而进行的空间优化。
引用
@article{arxiv.1605.06904,
title = {PROJECTION Algorithm for Motif Finding on GPUs},
author = {Jhoirene B. Clemente and Francis George C. Cabarle and Henry N. Adorna},
journal= {arXiv preprint arXiv:1605.06904},
year = {2016}
}
备注
Workshop on Computation: Theory and Practice. Theory and Practice of Computation, Volume 5 of the series Proceedings in Information and Communications Technology pp 101-115 (2012)