基因网络中伪连接的推测概率:在表达时间序列中的应用
基因组学
2007-05-23 v1 细胞行为
摘要
动机:随着方法的改进和更多数据的可获得,从基因表达微阵列重建基因网络正日益流行。此类网络的可靠性可通过基因间连接为伪连接(由偶然波动而非真实生物学关系所致)的概率来判定。结果:与错误发现率和正错误发现率不同,决定性错误发现率(decisive false discovery rate, dFDR)精确等于一个条件概率,且无需假设独立性或假设真值的随机性。该性质不仅可用于差异基因表达检测的常见应用,也可用于确定重建基因网络中伪连接的概率。dFDR的估计量可估计以下三个概率中的每一个:1. 两个看似相互关联的基因实际缺乏此种关联的概率。2. 对两个关联基因观测到的时间顺序具有误导性的概率。3. 对两个基因观测到的时间顺序具有误导性的概率,原因或是它们并不关联,或是它们关联但无时间滞后。第一个概率适用于静态与动态基因网络,其余两个仅适用于动态基因网络。可用性:用于网络重建、概率估计和绘图的跨平台软件可从 http://www.davidbickel.com 免费获取,提供为R函数和一个Java应用程序。
引用
@article{arxiv.q-bio/0404033,
title = {Probabilities of spurious connections in gene networks: Application to expression time series},
author = {David R. Bickel},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0404033},
year = {2007}
}
备注
Like q-bio.GN/0404032, this was rejected in March 2004 because it was submitted to the math archive. The only modification is a corrected reference to q-bio.GN/0404032, which was not modified at all