考虑模体出现信息的随机网络概率生成
定量方法
2017-05-03 v1 分子网络
摘要
由于即使节点数很少时可能的图数量也极为庞大，网络结构的推断被认为是一个具有挑战性的问题。生成具有某些有意义模式（模体）出现概率规定的大型随机有向图同样困难。我们展示了如何根据一种形式化的概率表示，使用快速的马尔可夫链蒙特卡罗方法进行采样来生成此类随机图。作为示例，我们生成了具有数百个节点、模拟大肠杆菌基因转录相互作用网络的真实图。
引用
@article{arxiv.1311.6443,
title = {Probabilistic generation of random networks taking into account information on motifs occurrence},
author = {Frederic Y. Bois and Ghislaine Gayraud},
journal= {arXiv preprint arXiv:1311.6443},
year = {2017}
}