利用形式概念分析实现蛋白质结构域的“搭便车”
定量方法
2014-02-21 v1
摘要
识别可靠的域 - 域相互作用（DDIs）将增强我们预测新型蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPIs）、解析蛋白质复合物中相互作用的能力，从而获得更多关于基因功能和行为的信息。识别可靠 DDIs 的挑战之一是域的多功能性（promiscuity）。多功能域是指可以出现在许多域架构中并因此存在于许多蛋白质中的域。这对于一种评分方法成为了一个问题，该方法的域对得分是观测频率与期望频率的比率，因为 PPI 网络是稀疏的。因此，许多蛋白质对是非相互作用的，而具有多功能域的域对将受到惩罚。从 PPIs 推断可靠 DDIs 的问题中存在的这一域多功能性挑战已被认识到，并已提出了一些变通方法。在本文中，我们报告了形式概念分析（FCA）在该问题上的应用。我们发现，形式概念之间的关系为稀有域提升多功能域的排名提供了一种自然的方式，并用可靠的 DDIs 丰富了排名靠前的域对。这种多功能域“搭便车”到稀有域上的可能性源于蛋白质的域架构，其中混合了多功能域和稀有域。
引用
@article{arxiv.1309.0801,
title = {Piggy-backing protein domains with Formal Concept Analysis},
author = {Susan Khor},
journal= {arXiv preprint arXiv:1309.0801},
year = {2014}
}