Phylotastic:一个利用逻辑编程创建、操纵和演化系统发育生物学工作流的实验
人工智能
2018-05-02 v1 计算机科学中的逻辑
编程语言
摘要
进化生物学家长期以来一直难以灵活开发分析工作流,从而促进系统发育知识的重用。一个进化生物学工作流可被视为一个计划,其组合了能够检索、操纵和生成系统发育树的网络服务。Phylotastic 项目于两年前作为进化生物学家与计算机科学家的合作而启动,目标是开发一种开放架构以促进此类分析工作流的创建。尽管网络服务的组合是一个在文献中已被广泛探讨的问题(包括在逻辑编程领域内),Phylotastic 中该问题的具体形态带来了若干额外挑战。除了需要在所需工作流的描述中集成偏好和形式化本体之外,进化生物学家倾向于以增量方式构建工作流,即通过 successively 精炼工作流、指出所需的变更(例如排除某些服务、修改所需输出)来逐步完善。这导致了连续迭代的增量重规划需求,以开发出集成所请求变更同时最小化对原始工作流更改的新工作流。本文阐明了 Phylotastic 如何利用逻辑编程技术应对创建和精炼系统发育分析工作流的挑战,以及此类解决方案如何被用于 Phylotastic 项目的总体框架中。论文在 Theory and Practice of Logic Programming (TPLP) 审稿中。
引用
@article{arxiv.1805.00185,
title = {Phylotastic: An Experiment in Creating, Manipulating, and Evolving Phylogenetic Biology Workflows Using Logic Programming},
author = {Thanh Hai Nguyen and Enrico Pontelli and Tran Cao Son},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.00185},
year = {2018}
}
备注
Paper presented at the 34th International Conference on Logic Programming (ICLP 2018), Oxford, UK, July 14 to July 17, 2018 17 pages, LaTeX, 10 PDF figures (arXiv:YYMM.NNNNN)