PhyloProfile v2：基于维度缩减的多层次光谱系谱轮廓可扩展探索
种群与进化
2025-07-10 v2
摘要
光谱系谱轮廓——基因在不同生物门户中的存在-缺失模式——是推断基因和基因家族演化历史的丰富信息来源。当这些轮廓跨越大量基因聚合时，可以揭示共进化模式，支持对基因功能和相互作用的预测。随着已测序基因组数量的快速增长，光谱系谱轮廓如今通常涵盖数千个基因和生物门户。现有软件在实现对此类大数据集的交互式可视化、探索和分析方面不足。我们present PhyloProfile v2，对原始 PhyloProfile 软件的全面改进。新版本引入了主要的性能提升，并添加了旨在更高效数据探索的新功能。值得注意的是，PhyloProfile v2 将维度缩减技术集成到用于在交互式 2D 或 3D 空间中可视化光谱系谱轮廓，为大型数据集提供直观概览。此外，该平台支持从涵盖数百万orthology 关系的大规模分析，到对特定ortholog 蛋白功能结构之间的详细比较。因此，PhyloProfile v2 提供了一种通用且可扩展的解答，用于进化和功能基因组学研究。PhyloProfile v2 作为 R 软件包可在 Bioconductor 上获取 https://doi.org/doi:10.18129/B9.bioc.PhyloProfile。开源代码和文档均采用 MIT 许可证提供，地址为 https://github.com/BIONF/PhyloProfile
引用
@article{arxiv.2504.19710,
title = {PhyloProfile v2: Scalable Exploration of Multilayered Phylogenetic Profiles via Dimensionality Reduction},
author = {Vinh Tran and Ingo Ebersberger},
journal= {arXiv preprint arXiv:2504.19710},
year = {2025}
}