OpenTME：来自 TCGA 的 AI 驱动 H&E 肿瘤微环境轮廓开放数据集
计算机视觉与模式识别
2026-04-15 v1 人工智能
机器学习
定量方法
摘要
肿瘤微环境（TME）在癌症进展、治疗反应和患者预后中发挥核心作用，但大规模、一致且定量的来自常规HE染色组织病理切片的 TME 描述仍较稀缺。我们介绍 OpenTME，这是一个开放获取的数据集，包含来自TCGA中五类癌症（膀胱癌、乳腺癌、结直肠癌、肝癌和肺癌）的3634例HE染色全切片图像的预计算 TME 轮廓。所有输出均由基于Atlas族群病理基础模型的AI驱动应用程序Atlas H&E-TME 生成，进行组织质量控制、组织分割、细胞检测和分类以及空间邻域分析，为每个切片提供4500多项以细胞水平为单位的定量读数。OpenTME将在Hugging Face上提供给非商业学术研究使用。我们将继续扩展OpenTME，并期望其为生物标志物发现、空间生物学研究以及 TME 分析的计算方法开发提供资源。
引用
@article{arxiv.2604.12075,
title = {OpenTME: An Open Dataset of AI-powered H&E Tumor Microenvironment Profiles from TCGA},
author = {Maaike Galama and Nina Kozar-Gillan and Christina Embacher and Todd Dembo and Cornelius Böhm and Evelyn Ramberger and Julika Ribbat-Idel and Rosemarie Krupar and Verena Aumiller and Miriam Hägele and Kai Standvoss and Gerrit Erdmann and Blanca Pablos and Ari Angelo and Simon Schallenberg and Andrew Norgan and Viktor Matyas and Klaus-Robert Müller and Maximilian Alber and Lukas Ruff and Frederick Klauschen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2604.12075},
year = {2026}
}