关于蛋白质推断的无偏性能评估
应用统计
2012-11-30 v1 机器学习
定量方法
摘要
本文是对Serang (2012)在《生物信息学》中对Huang和He (2012)评论的回应。Serang (2012)声称，应使用Serang等人(2010)中的网格搜索方法指定Fido算法的参数，以便在性能比较中产生应有的准确性。这看似是关于参数调整的争论，但实际上涉及如何对不同蛋白质推断算法进行无偏性能评估的问题。在本文中，我们将解释为何在Huang和He (2012)中未使用网格搜索进行参数选择，并表明该过程可能导致对竞争算法不公平的过高估计。事实上，Li和Radivojac (2012)也已指出这一问题。
引用
@article{arxiv.1211.6834,
title = {On unbiased performance evaluation for protein inference},
author = {Zengyou He and Ting Huang and Peijun Zhu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.6834},
year = {2012}
}