关于利用实时数据库搜索改进自适应峰选择的可行性与效用
定量方法
2012-07-26 v1 生物大分子
摘要
理由：在采用数据依赖采集的鸟枪法蛋白质组学实验中，对前体扫描的实时分析会导致选择少数几个峰进行随后的隔离、碎裂和二次扫描。该峰选择方案通常专注于前体扫描中最丰富的峰，同时试图避免快速连续地重新采样相同的 m/z 值。然而，该方案并未将先前碎裂扫描的分析纳入峰选择程序中。方法：在本工作中，我们研究了将先前碎裂扫描的分析纳入峰选择方案的可行性和效用。我们证明了碎裂谱的实时鉴定在原理上是可行的，并通过模拟研究了几种在峰选择期间利用所得肽段鉴定的策略。结果：我们的模拟未能提供证据表明肽段鉴定可以大幅提高鸟枪法蛋白质组学实验鉴定的肽段总数。结论：这些结果具有重要意义，因为它们指出了在峰选择期间使用肽段鉴定的可行性，并且我们的实验可为从事此方向研究的其他人员提供起点。
引用
@article{arxiv.1207.5848,
title = {On the feasibility and utility of exploiting real time database search to improve adaptive peak selection},
author = {Benjamin J. Diament and Michael J. MacCoss and William Stafford Noble},
journal= {arXiv preprint arXiv:1207.5848},
year = {2012}
}