NTRFINDER：一种用于发现嵌套串联重复序列的软件工具
定量方法
2011-05-04 v2
摘要
我们介绍软件工具 NTRFinder，用于发现 DNA 中我们称之为嵌套串联重复序列（NTR）的复杂重复结构。NTR 是两个或多个不同串联基序相互穿插的重复出现。我们提出嵌套串联重复序列可作为系统发育和群体遗传标记。我们已在真实和模拟数据上测试了我们的算法，并展示了一些有意义的真实嵌套串联重复序列。我们讨论了在芋头（Colocasia esculenta）核糖体 DNA 中发现的 NTR 如何可能有助于确定这种古老主食作物的栽培史前史。NTRFinder 可从 http://www.maths.otago.ac.nz/? aamatroud/ 下载。
引用
@article{arxiv.1006.1730,
title = {NTRFINDER: A Software Tool to Find Nested Tandem Repeats},
author = {A. A. Matroud and M. D. Hendy and C. P. Tuffley},
journal= {arXiv preprint arXiv:1006.1730},
year = {2011}
}