载脂蛋白 E3 脂质纳米盘的动力学模拟
软凝聚态物质
2023-08-22 v1 生物物理
化学物理
计算物理
摘要
纳米盘是由磷脂双分子层被带状螺旋支架蛋白环绕而形成的二元圆盘状复合物。利用粗粒化与全原子分子动力学模拟，我们探究了由载脂蛋白 E3 的 N 端结构域（apoE3-NT）与可变数量的 1,2-二肉豆蔻酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱（DMPC）分子所形成的纳米盘的稳定性、尺寸与结构。我们研究了平行与反平行双带构型，每种纳米盘由四个蛋白质组成。我们的模拟预测含有 240 至 420 个 DMPC 分子的纳米盘是稳定的。与平行构型相比，反平行构型中蛋白质链间的氨基酸相互作用平均多 1.6 倍，离子接触多 2 倍。除一例之外，反平行构型中的 DMPC 序参数始终大于平行构型。在大多数情况下，蛋白质骨架原子位置的根均方偏差在反平行构型中更小。我们进一步报道了纳米盘的尺寸、厚度、回转半径与溶剂可及表面积。综合所有考察参数，我们推测反平行蛋白质构型比平行构型形成更稳定且更刚性的纳米盘。
引用
@article{arxiv.2308.10164,
title = {Molecular Dynamics Simulation of Apolipoprotein E3 Lipid Nanodiscs},
author = {Patrick Allen and Adam C. Smith and Vernon Benedicto and Abbas Abdulhassan and Vasanthy Narayanaswami and Enrico Tapavicza},
journal= {arXiv preprint arXiv:2308.10164},
year = {2023}
}