模块化模型构建
分子网络
2007-10-19 v1
摘要
数学模型在学术界和制药业中日益被用于理解表型如何从分子相互作用系统中涌现。然而，它们目前作为单一整体方程集的构建方式构成了进步的根本障碍。克服这一问题需要模块化，使得子系统能够被独立指定并增量组合；以及抽象化，使得一般属性能够独立于特定实例被指定。这反过来要求模型被表示为程序而非数据类型。可编程的模块化和抽象化使得能够为通用生物过程创建模块库，这些模块可以在不同上下文中与不同组件一起被实例化和重复使用。我们开发了支持这一目标的计算基础设施。本文展示了为何需要这些能力、实现它们所需的条件，以及利用它们能够完成此前无法完成的工作。
引用
@article{arxiv.0710.3421,
title = {Modular model building},
author = {Aneil Mallavarapu and Matthew Thomson and Benjamin Ullian and Jeremy Gunawardena},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.3421},
year = {2007}
}
评论
24 pages, 6 figures