截断血红素振动动力学建模

本文提出了一项关于截断血红素家族中两种小型蛋白质在近平衡动力学下的研究，基于高斯网络方法框架。除了甘氨酸残基外，所有残基均考虑有效的β碳原子和Cα原子，以不增加自由度的方式进行粗化（βGaussian模型）。分析了归一化协方差矩阵以及具有集体特征的最慢变形模式，指出在所研究的蛋白质中功能相关的位点之间存在反相关性。特别地，我们强调了在蛋白质基质内部运行的扩展隧道-空腔系统的功能运动，这为小分子配体与血红素中铁原子的结合提供了通路。我们给出了最慢两个过阻尼模式放松时间的数量级估计，并与此前关于全球蛋白的研究结果进行了比较。