基于参数化时间Petri网的振荡生物系统弹性性质建模（补充信息）
计算机科学中的逻辑
2015-06-23 v1
摘要
生物模型自动验证使我们能够获得关于底层生物过程未知的知识。本文中，我们展示了使用参数化时间Petri网以精确分析生物振荡系统动态行为的益处。特别地，我们关注此类系统的弹性性质。该概念对于理解生物系统（例如哺乳动物昼夜节律）的行为至关重要，这些系统具有足够的反应性和适应性以承受环境的重大变化（例如时差、昼夜交替工作时间）。我们通过参数化TCTL形式化这些性质，并展示如何应对环境条件变化以保证生物体的弹性。特别是，我们能够讨论各种扰动（例如人工时差或组件敲除）在定量延迟方面的影响。当涉及动态生物系统的模型引出时，该分析至关重要。我们使用一个简化的昼夜钟模型演示了该技术的适用性。
引用
@article{arxiv.1506.06299,
title = {Modeling of Resilience Properties in Oscillatory Biological Systems using Parametric Time Petri Nets, Supplementary Information},
author = {Alexander Andreychenko and Morgan Magnin and Katsumi Inoue},
journal= {arXiv preprint arXiv:1506.06299},
year = {2015}
}
备注
8 pages, 2 figures, supplementary information